冥王星到达第二个近日点，海王星将完成其自身轨道的一半左右，比冥王星领先130°。因此冥王星与海王星的最近距离是17天文单位，大于冥王星与天王星的最近距离。实际上，冥王星和海王星之间的最小距离发生在冥王星到达远日点时。
两个物体之间的2：3共振高度稳定，并已保持了数百万年。该机制防止两颗天体改变相对位置，使其无法靠近对方。即使冥王星的轨道与海王星轨道共面，这两个天体也永远不会碰撞。平均运动共振的长期稳定性归因于相位保护。如果冥王星的周期略短于海王星的3\/2，则会发生相对于海王星轨道的漂移，从而使它更靠近海王星的轨道。两者之间的强烈引力使海王星的角动量转移到冥王星。根据开普勒第三定律，这将使冥王星进入稍大的轨道，并在其中运行得稍慢一些。经过多次此类重复之后，冥王星被充分减速，海王星也被充分加速，以至于冥王星相对于海王星的轨道向相反方向漂移，直到过程逆转。整个过程大约需要年。
数值研究表明，冥王星和海王星轨道在数百万年内没有太大变化。除了2：3平均运动共振之外，还有其他一些共振和相互作用可以增强冥王星的公转稳定性。这些主要来自两个额外的机制。
首先，冥王星的近日点幅角，也就是轨道和黄道的交点与最接近太阳的点之间的夹角，平均约为90°。这意味着当冥王星最靠近太阳时，它位于太阳系平面上方最远的位置，从而防止与海王星的相遇。这是古在机制的结果，该机制将轨道倾角和离心率的周期性变化与更大的扰动体相关联。冥王星近日点幅角相对于海王星变化的幅度为38°，冥王星近日点因此与海王星轨道的角距离总是大于52°。两颗天体的角距离大约每一万年达到最小值。
其次，两个物体的升交点经度它们与黄道相交的点与以上近似共振。当两者经度相同时也就是说，可以通过两个节点和太阳绘制一条直线时，冥王星的近日点正好位于90°，因此当冥王星最接近太阳时，则位于海王星轨道上方的最高点。这就是所谓的1：1超共振。所有的类木行星，特别是木星，都在超共振的产生中发挥作用。
在2012年，有人假设号小行星Arawn可能是冥王星的准卫星，这是一种特殊类型的共轨状态。根据该假设，该天体将在每两百万年中的约35万年成为冥王星准卫星。根据新视野号航天器在2015年进行的测量，可以准确地计算出Arawn的轨道。这些计算证实了假设中描述的整体动态。但是，天文学家之间尚无共识，是否应根据这一运动将Arawn归类为冥王星的准卫星，因为Arawn的轨道主要是由海王星控制的，冥王星引起一些较小的扰动。
冥王星的自转周期，即它的一天，等于6.387地球日。