魏晋时期的道教神仙已十分庞杂，但散乱无序。
到了南朝梁代，着名道教理论家陶弘景写的《真灵位业图》作为第一个较为系统的道教神谱，开始出现。
在这神谱中，陶弘景将神仙分为七个等级，每个等级设一中位，有一个神仙主持，中位之外又分设左位，右位若干席位，安排诸神。
七个等级高低有别，以第一等级为最高，以此分级，秩序井然。
各等级除了中位主神外，还有左右诸位神仙，数量各不相等，如第一等级左位29神外，右位19神。
第三等级左位50余神，右位30余神。这些左右诸神仙，有的是历史上的帝王、将相或圣人先贤，如第三等级的孔子、颜回、庄子、第七等级的秦始皇、汉高祖、齐桓公、晋文公、魏武帝、刘备、李广、韩遂、孙策、徐庶等。
有的是道教着名领袖，如第二等级的魏华存、许穆、许拥是道教上清派的创始人，徐来勒、葛玄是灵宝派的创始人，而第四阶次的张陵是天师道的鼻祖，葛洪是道教大理论家。
有的是神话传说人物，如第三阶次的黄帝、唐尧、虞舜、夏禹，第四阶次的赤松子等等。
总之，神谱中各色各样的人物都有，且大都是赫赫有名的人物，但也有无人知晓的人物，难以考其来源，有的与道教关系不大，像孔子也拉进神谱，显得不伦不类。
除陶的神谱外，还有各种不同的神谱，其结构和内容也互有出入。
陶弘景的《真灵位业图》神谱只是上清派一家之言，它奉元始天尊、元始天王、太上大道君、金阙帝君等为最高神，灵宝派以元始天尊、太上老君地位为最尊，而天师道则尊老子为最高神。
三派各行其是，在最高神问题上彼此不完全认同，随着道教的发展和各派的互相交融，大概在南北朝末期，出现了统一的最高尊神“三清”，即：元始天尊、灵宝天尊、道德天尊。三清神的出现，标志着道教神仙谱系的最终定型。
“三清”尊神的建立，却经历了一较长的发展过程。道教初创时，是以老子为其始祖，称之为太上老君又称太上道君，尊奉为最高神灵。
例如于吉等人所编的《太平经》和张陵等人所造作的道书，皆托名为老君所授，直至北魏寇谦之所撰的《云中音诵新科之诫》和《录图真经》以及他的“天师”称号，皆托名老君所赐。这是包括太平道和五斗米道在内的早期道教的一个共同特点。
乃至以后的全真道道统渊源，仍称太上老君传于金母，金母传白云上真，白云上真传王玄甫，王玄甫钟离权，钟离权授吕洞宾和刘海蟾，吕洞宾授王重阳，重阳授北七真。将全真道统上溯到老子，并尊王玄甫为全真道的始祖。
及至东晋中后期上清、灵宝等道派出现后，对道教最高尊神的观念便发生了变化。
这些新起的道派，便不再尊奉太上老君为最高尊神了，而是以元始天王或元始天尊与太上大道君的地位最尊。